MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018195	CGA	2	6	180	185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018195	ACG	2	6	190	195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018195	CCG	2	6	196	201	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_018195	TCCG	2	8	230	237	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_018195	CT	4	8	245	252	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_018195	CGG	2	6	317	322	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_018195	GCG	2	6	464	469	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_018195	TCC	2	6	494	499	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_018195	AGAC	2	8	572	579	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_018195	GCT	2	6	648	653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_018195	AAG	2	6	673	678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018195	TTC	2	6	681	686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018195	ATC	2	6	798	803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701678
14	NC_018195	GC	4	8	841	848	0 %	0 %	50 %	50 %	397701678
15	NC_018195	GCA	2	6	863	868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701678
16	NC_018195	CGG	2	6	899	904	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701678
17	NC_018195	ACG	2	6	906	911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701678
18	NC_018195	CCG	2	6	928	933	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701678
19	NC_018195	GCTT	2	8	986	993	0 %	50 %	25 %	25 %	397701678
20	NC_018195	TCT	2	6	1000	1005	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701678
21	NC_018195	AT	3	6	1072	1077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018195	AGG	2	6	1083	1088	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018195	TTC	2	6	1229	1234	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018195	GCA	2	6	1305	1310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018195	CAT	2	6	1319	1324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_018195	GCG	2	6	1336	1341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018195	GAA	2	6	1368	1373	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018195	ATG	2	6	1434	1439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701679
29	NC_018195	TCA	3	9	1510	1518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701679
30	NC_018195	GGGC	2	8	1519	1526	0 %	0 %	75 %	25 %	397701679
31	NC_018195	CGG	2	6	1604	1609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701679
32	NC_018195	GCAC	2	8	1616	1623	25 %	0 %	25 %	50 %	397701679
33	NC_018195	TTC	2	6	1701	1706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701679
34	NC_018195	CGA	2	6	1724	1729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701679
35	NC_018195	AG	3	6	1814	1819	50 %	0 %	50 %	0 %	397701679
36	NC_018195	GAA	2	6	1860	1865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	397701679
37	NC_018195	CGG	2	6	1891	1896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701679
38	NC_018195	G	6	6	1898	1903	0 %	0 %	100 %	0 %	397701679
39	NC_018195	CAC	2	6	1907	1912	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	397701679
40	NC_018195	GGT	2	6	1958	1963	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	397701679
41	NC_018195	GTT	2	6	2046	2051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	397701679
42	NC_018195	GGGT	2	8	2068	2075	0 %	25 %	75 %	0 %	397701679
43	NC_018195	CGACCG	2	12	2294	2305	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	397701679
44	NC_018195	AC	3	6	2314	2319	50 %	0 %	0 %	50 %	397701679
45	NC_018195	CGT	2	6	2374	2379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701679
46	NC_018195	CTA	2	6	2430	2435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701679
47	NC_018195	GCT	2	6	2463	2468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701679
48	NC_018195	TGA	3	9	2501	2509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701679
49	NC_018195	TTA	2	6	2527	2532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	397701679
50	NC_018195	TCG	2	6	2533	2538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701679
51	NC_018195	TACGA	2	10	2547	2556	40 %	20 %	20 %	20 %	397701679
52	NC_018195	GAT	2	6	2622	2627	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701679
53	NC_018195	TTC	2	6	2673	2678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701679
54	NC_018195	AT	4	8	2815	2822	50 %	50 %	0 %	0 %	397701679
55	NC_018195	CAA	2	6	2844	2849	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	397701679
56	NC_018195	CAG	2	6	2856	2861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701679
57	NC_018195	ATT	2	6	2947	2952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	397701679
58	NC_018195	AGG	2	6	2965	2970	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	397701679
59	NC_018195	CTT	2	6	3079	3084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701679
60	NC_018195	CGG	2	6	3089	3094	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701680
61	NC_018195	CCG	2	6	3119	3124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701680
62	NC_018195	CGG	2	6	3139	3144	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701680
63	NC_018195	CCT	2	6	3187	3192	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	397701680
64	NC_018195	GCCA	2	8	3193	3200	25 %	0 %	25 %	50 %	397701680
65	NC_018195	CCGG	2	8	3294	3301	0 %	0 %	50 %	50 %	397701680
66	NC_018195	GTCC	2	8	3378	3385	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_018195	CCG	2	6	3433	3438	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_018195	CGA	2	6	3590	3595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701681
69	NC_018195	CGGC	2	8	3661	3668	0 %	0 %	50 %	50 %	397701681
70	NC_018195	GAC	2	6	3734	3739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701681
71	NC_018195	GCC	2	6	3799	3804	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_018195	TGC	2	6	3820	3825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018195	CAG	2	6	3833	3838	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_018195	GCC	2	6	3888	3893	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701682
75	NC_018195	GCC	2	6	3923	3928	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701682
76	NC_018195	CAG	2	6	3932	3937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701682
77	NC_018195	AGC	2	6	4038	4043	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701683
78	NC_018195	GTC	2	6	4108	4113	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701683
79	NC_018195	ACG	3	9	4127	4135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701683
80	NC_018195	CG	3	6	4140	4145	0 %	0 %	50 %	50 %	397701683
81	NC_018195	TCG	2	6	4148	4153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701683
82	NC_018195	ACG	2	6	4175	4180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701683
83	NC_018195	CGG	2	6	4305	4310	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_018195	GCT	2	6	4439	4444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701684
85	NC_018195	TGC	2	6	4446	4451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701684
86	NC_018195	GCA	2	6	4462	4467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701684
87	NC_018195	TCG	2	6	4553	4558	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701684
88	NC_018195	AGC	2	6	4579	4584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701684
89	NC_018195	GGC	2	6	4594	4599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
90	NC_018195	TCCT	2	8	4699	4706	0 %	50 %	0 %	50 %	397701684
91	NC_018195	GCAT	2	8	4714	4721	25 %	25 %	25 %	25 %	397701684
92	NC_018195	CGA	2	6	4793	4798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701684
93	NC_018195	CGG	2	6	4843	4848	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
94	NC_018195	GTT	2	6	4857	4862	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	397701684
95	NC_018195	CAG	2	6	4892	4897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701684
96	NC_018195	TTC	2	6	4905	4910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701684
97	NC_018195	GGT	2	6	4967	4972	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	397701684
98	NC_018195	CGTT	2	8	4985	4992	0 %	50 %	25 %	25 %	397701684
99	NC_018195	GCG	2	6	5029	5034	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
100	NC_018195	CGC	2	6	5181	5186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701684
101	NC_018195	GCG	2	6	5209	5214	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
102	NC_018195	GCG	2	6	5252	5257	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
103	NC_018195	CGT	2	6	5270	5275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701684
104	NC_018195	TGA	2	6	5305	5310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701684
105	NC_018195	GGC	2	6	5344	5349	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
106	NC_018195	TCA	2	6	5416	5421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701684
107	NC_018195	CAA	2	6	5468	5473	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	397701684
108	NC_018195	TCC	2	6	5489	5494	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_018195	CGCC	2	8	5507	5514	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
110	NC_018195	CGC	2	6	5594	5599	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_018195	ATC	2	6	5611	5616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701685
112	NC_018195	CCCG	2	8	5650	5657	0 %	0 %	25 %	75 %	397701685
113	NC_018195	CTG	2	6	5662	5667	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701685
114	NC_018195	TGC	2	6	5679	5684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701685
115	NC_018195	ACC	2	6	5695	5700	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	397701685
116	NC_018195	CAT	3	9	5709	5717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701685
117	NC_018195	GGA	2	6	5739	5744	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	397701685
118	NC_018195	CAG	2	6	5822	5827	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701685
119	NC_018195	A	6	6	6068	6073	100 %	0 %	0 %	0 %	397701686
120	NC_018195	TGC	2	6	6097	6102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701686
121	NC_018195	ACC	2	6	6113	6118	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	397701686
122	NC_018195	CGC	2	6	6133	6138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701686
123	NC_018195	TTG	2	6	6164	6169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	397701686
124	NC_018195	GAA	2	6	6209	6214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	397701686
125	NC_018195	GAC	2	6	6239	6244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701686
126	NC_018195	GAT	2	6	6323	6328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701686
127	NC_018195	GAC	2	6	6336	6341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701686
128	NC_018195	GGGAT	2	10	6376	6385	20 %	20 %	60 %	0 %	397701686
129	NC_018195	CCT	2	6	6406	6411	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	397701686
130	NC_018195	G	6	6	6426	6431	0 %	0 %	100 %	0 %	397701686
131	NC_018195	GTC	2	6	6520	6525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701686
132	NC_018195	GAT	2	6	6555	6560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701686
133	NC_018195	ATG	2	6	6652	6657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701686

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.